至少在一笔交易中，马云及其合作伙伴是通过私有实体代表阿里巴巴作出投资。在其它的一些交易中，马云联合创办的私募股权基金则是与阿里巴巴共同作出投资。
阿里巴巴在6月26日的最近一次IPO修正文件中谈到了上述问题，称马云有时候会代表公司投资，公司在一些情况下将限制他从交易获得的个人收益 要么通过将收益转回阿里巴巴，要么将收益用作慈善目的。
模糊公私利益
但企业治理专家警告称，这类投资会引发麻烦，因为它们模糊了个人与企业的利益，马云与阿里巴巴同时参与交易会让他和他颇具影响力的合作伙伴获益，而在这一点上阿里巴巴股东几乎无从控制或者监督。
这些情况会引发利益冲突，让阿里巴巴的小股东利益更容易受损。 企业治理顾问西蒙 王(Simon Wong)指出。
阿里巴巴以IPO静默期为由拒绝发表评论。据称，该公司准备最早将于8月8日在纽约证券交易所挂牌上市。分析师认为，它有可能会融资超过200亿美元，估值超过2000亿美元。
无法自行交易
了解阿里巴巴的人士指出，阿里巴巴让马云出面完成投资的原因之一是，它不能独自进行交易。
与众多其它的中国互联网公司一样，阿里巴巴在海外的开曼群岛注册，这让它可以吸引外国投资者，同时也不违反非中国企业控股敏感公司方面的限制。阿里巴巴在中国主要的互联网业务运营牌照由通过合约与离岸实体关联的国内实体持有。不过这意味着阿里巴巴实际上是家外国实体，因而无法直接投资很多的中国公司。
其中一个例子是，4月，马云和两名合作伙伴控制的一个实体向华数传媒投资65.4亿元人民币。
阿里巴巴不能自行作出投资，于是它向了公司高管谢世煌 马云在上述收购华数传媒股权的实体的合作伙伴之一 所需的大多数资金来完成该笔投资。阿里巴巴还宣布它将在互联网电视产品领域与华数传媒的母公司展开合作。
潜在的利益冲突
阿里巴巴并未解释让另一位合作伙伴、马云的朋友兼巨人网络董事长史玉柱参与交易的原因。
企业治理专家指出，马云同时持有阿里巴巴和华数传媒的股权这一点可能会引发利益冲突，由于阿里巴巴本身并不持有华数传媒股权，要是马云或者其他的合作伙伴以华数传媒的利益为先，那阿里巴巴股东就没什么回旋的余地。
部分投资者也诟病阿里巴巴向谢世煌出借资金。旧金山投资公司RS Investments投资组合经理迈克尔 雷纳尔chael Reynal)说， 阿里巴巴的资产负债表被马云和其他人用来完成收购。
缺乏透明度
在另外一笔交易中，马云和谢世煌所有的一家实体以33亿人民币收购恒生电子超过20%的股权。谢世煌未从阿里巴巴获得借贷来完成该笔交易。
阿里巴巴拒绝披露它或者其附属公司是否将与恒生电子展开合作。但行业观察家指出，恒生电子可能会与在向金融服务领域扩张的支付宝合作。
恒生电子与支付宝均拒绝对此予以评论。
鉴于它们没有明确否认合作的可能性，RS Investments的雷纳尔估计马云的这类投资与阿里巴巴有一定程度的关联。 那些交易缺乏透明度会让投资者感到困惑。 Forrester Research分析师布莱恩 王(Bryan Wang)指出。
阿里巴巴还与马云在2010年帮助创立的云峰基金共同投资了多家公司。云峰基金的创始成员包括史玉柱。
阿里巴巴在IPO文件称，马云在云峰基金设立的几支基金中有间接利益，而阿里巴巴投资了其中一支基金，希望云峰基金将协助它 物色各种相关的战略投资机会 。
4月，阿里巴巴创立的一个实体和云峰基金共同收购了优酷土豆18.5%的股权。1月，阿里巴巴携手云峰基金通过阿里巴巴所有的实体买下中信21世纪的多数股权。那些交易资金大多数来自阿里巴巴。
在IPO文件中，阿里巴巴称马云将把他来自云峰基金的收益捐赠给阿里巴巴旗下的慈善机构。
投资者反应各异
不少投资者并不担心潜在的利益冲突问题，因为他们相信阿里巴巴的增长潜力和马云的成功履历。有人指出，那类冲突在中国公司身上比较常见。
不过，部分投资者指出，马云过往的行为并不全都对投资者友好，比如2010年的支付宝股权转移事件。
Sag Harbor Advisors投资组合经理詹姆斯 桑福德(James Sanford)表示，阿里巴巴 及普遍的中国公司 都不够透明，因而他不大放心投资它们。 很多的美国投资者接受这一点，并不代表那些公司不存在问题。
